1、员工违反保密协议的，处理的方式如下：(1)、员工违反保护协议的，员工要承担民事责任，依据保密协议赔偿违约金。(2)、违反保密协议侵犯单位商业秘密的，给用人单位造成损失的，要承担赔偿的责任。(3)、违反保密协议，侵犯公司商业秘密，情节严重的，可能构成侵犯商业秘密罪，要承担刑事责任。2、法律依据。《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条【保密义务和竞业】。《中华人民共和国刑法》第二百一十九条【侵犯商业秘密罪】。一、保密协议应包括哪些内容。保密协议一般包括保密内容、责任主体、保密期限、保密义务及违约责任等条款。保密协议可以分为单方保密协议和双方保密协议。单方保密协议是指一方对另一方单方面负有保密义务的协议。1、明确保密信息范围。