会在缴费后的下一年生效。农村合作医疗的生效时间是从办理参保手续的第二年的1月1日起至该年度的12月31日止。农村合作医疗保险的缴费时间是固定的，就是每年的12月份，整个12月份都是可以缴费的，因为12月份是一年的月底，所以说这个缴的费用其实是第二年生效的，也就相当于第二年的保费。那么如果说是缴纳的话，那么第2年的住院什么的都是可以报销的。如果在没有担保的情况下，如果说这期间中断了一会儿，想要继续投保的话，也是每年的12月份缴费的。只是说在这样的情况下，那么生效时间就要推迟半年，要到每年的7月1号才能够生效，也就是说在1月份到6月份期间住院等产生的费用是不能够报销的。