法律分析。工会的会费从员工工资中扣除是不合法的，员工的工资只能扣除社会保险或者税费，不能扣除工会的会费。法律依据。《工资支付暂行规定》 第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资。(一)用人单位代扣代缴的个人所得税。(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用。(三)判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。