网签和纸质三方协议区别在于：签约方式不同、报到证件不同、档案转递不同。具体如下：1、签约方式不同：网上签约：网上签约是指毕业生通过省就业信息网与用人单位签订合同；三方签约：三方签约是指毕业生通过纸质三方协议与用人单位签约。2、到单位报到时所持证件不同：网上签约：毕业生网上签约后，可凭打印的证明信息直接向用人单位报到就业；三方签约：毕业生持登记证、户口迁移证和三方协议到用人单位报到就业。个别省份或者学校还要求，签了纸质三方协议后还需要在网上录入就业协议书，也就是补填网签。网签和三方协议是毕业生与用人单位签订就业意向的两种不同方式，三方协议又叫线下签约。网签，适用于毕业生和已经在省就业信息网上注册过的省内用人单位和省外用人单位签订就业协议。