夫妻贷款公积金按以下程序扣。1.如果夫妻双方公积金账户都办理公积金代扣业务，以一方公积金账户为主扣款帐户，当主扣款帐户扣款后还不足以偿还当月应还贷款本息时，就再扣另一方公积金账户余额。2.如果夫妻俩公积金账户余额累计不足以偿还当月应还贷款本息时，就不再“代扣”，委托人应在每月还款日前向还款储蓄帐户（申请贷款时提供的）存入能够按月足额划转的资金。3.另外，申请多少额度，如果按单职工的额度申请的话（不超过40万），不会有影响。一、住房公积金贷款额度怎么计算。1、公积金贷款额度是指个人在使用公积金贷款时所能申请的最大贷款金额。只有具有当地城镇常住户口、建立住房公积金制2年以上并按规定缴存住房公积金的职工，为购建住房或翻建、大修自有住房资金不足时，才可享受公积金贷款。