公司不合理地罚款，劳动者可以与公司协商，要求其说明理由并及时改正；如果公司拒不改正的，则劳动者可以通过向调解组织申请调解、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁等方式来处理。法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四条发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。第六条发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据