首先，要审查违法建筑认定的合法性，按照现行法律的规定，只能是市县的规划建设主管部门认定厂房属于违法建筑，否则就涉嫌主体不适格。其次，要审查行政机关在认定、拆除违法建筑之前是否尽了调查义务。根据《中华人民共和国行政处罚法》第36条的规定，行政机关在认定、处理违法建筑之前应该进行调查，比如确切的违法建筑面积、建筑时间、相应证据如照片等，否则就是违法。如果厂房以违法建筑的名义被拆除，那么针对于强拆的行为，可以通过行政复议或者行政诉讼等途径来进行救济。如果强拆行为不具备前面的合法的认定违法的依据和法定程序来进行拆除的话，那么它的这个强拆的行为可能涉嫌违法，可以通过法律途径来救济。申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。