1、自然人股权转让时法律手续不符合税收法律规定。在实际中，许多自然人在转让股权时通常私自签订平价或折价的股权转让协议，在当地的工商部门办理变更登记手续后不去税务局备案，这个是不符合税法规定的，会受到税务的稽核和处罚。自然人在转让股权后，应该将变更后的营业执照，股权转让协议、银行回单凭证等在税务机关备案，如果不是平价转让的，还要申报个人所得税。2、申报的股权转让收入价格不公允。许多自然人为了少申报或不申报个人所得税，通常会在合同中约定不符合交易交易原则的条款，比如折价或平价转让，甚至有些新三板挂牌企业在转股系统中以很低的价格转让，以规避所得税。