一、多处发工资个税如何扣。（一）税法依据；1.个人所得税法第规定“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人在两处以上取得工资、薪金所得的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。”。2.公司发放工资时只负责给自己员工发放的工资扣税，因此每次计算个人所得税时，都要减除个人所得税起征点3500元，这样处理就造成了多次减除，个人所得税计算会比实际应缴有所减少，所以少缴税的应要补缴，也就是取得在中国境内两处或两处以上所得合并纳税，由个人自行申报。个人所得税法实施条例第三十规定，自行申报的纳税义务人，在申报纳税时，其在中国境内已扣缴的税款，准予按照规定从应纳税额中扣除。