孕妇协商解除劳动合同赔偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。《女职工劳动保护规定》第7条规定：怀孕的女职工，在劳动时间内进行产前检查，应当算作劳动时间。即员工因产前检查依法休假的，用人单位应当视同其正常劳动支付工资。因此，像你这样的女员工孕期请假在医疗机构检查时的工资待遇，用人单位也不能扣除。检查费、治疗费等可以由生育保险支付或报销。根据《劳动合同法》第四十二条劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。