员工辞职如果单位克扣工资，员工可以选择双方自行协商解决，当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。协商不成或者双方不愿自行协商的，可以进行调解，双方也可申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。调解不成的可以申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。另外，劳动者权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构进行投诉处理。一、解决合同争议的途径有几种。合同纠纷的解决方式多样，一般来说，主要有以下四种。1、协商。合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。