工程质量不合格的处理程序包括监理工程师判断严重程度、返修或返工弥补质量问题、签发监理通知；施工单位编写调查报告、提出处理方案、回复监理工程师审核；承包单位处理后经建设单位和设计单位认可重新验收。法律分析；1、工程质量不合格处理程序是首先由监理工程师判断其严重程度，可通过返修或返工弥补质量问题并签发监理通知。2、然后责成施工单位写出质量问题调查报告，提出处理方案，并回复监理工程师审核。3、再批复承包单位处理，经建设单位和设计单位认可后可重新进行验收。拓展延伸；工程质量问题如何处理。