纳税人企业的申报流程包括通过金税盘或税控盘进行超税报处理，手工录入销项专用和其他应税项目数据，导入已认证的进项专用数据，手工录入其他扣税凭证数据，生成申报资料并导出保存，缴款申请和清卡处理。法律分析；1一般纳税人企业需要在每月的申报期内，通常是每月的1-15日通过金税盘或者税控盘进行超税报处理。2在网上申报系统进行销项专用数据导入及其他应税项目数据的手工录入。3在网上申报系统将已在主管税务机关认证的进项专用数据进行导入。4将其他扣税凭证数据进行手工录入。5网上申报系统生成纳税申报资料，导出保存数据。6若有税款产生，需在网上申报系统里面进行缴款申请，在申报完成后需要进行清卡处理即可。拓展延伸；纳税人申报流程及注意事项。