法律分析：保险公司在合同中规定等待期是有合法依据的，但在等待期结束后，如果被保险人确诊患有脑损伤重疾，保险公司应依据合同给予赔偿。法律依据。1.《保险法》 第二十六条 保险合同应当写明保险人和被保险人的权利、义务、责任、保险金额、保险期间、保险费、保险标的、免赔额、免责条款、保险金给付方式、可能影响合同效力的事项以及其他应当写明的事项。2.《保险法》 第三十二条 保险人对于投保人的提问，应当如实告知。3.《保险法》 第四十五条 保险人应当在约定的期限内承担给付保险金的责任。4.《最高人民关于审理人身保险合同纠纷案件适用法律问题的规定》 第十条 保险合同中的等待期不得超过六个月。