法律分析：保险公司拒赔脑干疾病，须根据保险合同约定及相关法律规定进行处理。若保险合同对脑干疾病的理赔有明确规定，则应按照合同约定进行处理；如保险合同未对脑干疾病进行明确约定，则可参照相关法律规定，如《保险法》第二十四条规定：“保险人对被保险人的保险标的或者利益的损失负赔偿责任”，并按照合同约定的责任限额进行理赔。法律依据。《保险法》第二十四条：“保险人对被保险人的保险标的或者利益的损失负赔偿责任。”。《中华人民共和国合同法》第九十：“当事人一方未履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的质量要求，给对方造成损失的，应当承担损害赔偿责任。”。《最高人民关于审理保险纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条：“保险人对于被保险人的保险标的或者利益发生的损失，依照保险合同的约定承担赔偿责任。”。