交通事故赔偿纠纷由以下两个部门来调解：1、机关的调解：在诉讼前，一般由机关交通管理部门对损害赔偿进行调解；2、的调解：在民事诉讼中，如果双方在机关交通管理部门未达成调解协议或事后反悔的，在审理期间，仍可就民事赔偿继调解。一、哪些情况下交通事故调解终止。发生交通事故，机关交通管理部门可以主持调解，但机关交通管理部门主持的事故损害赔偿调解不是解决事故纠纷的必经程序。如果发生如下情形则调解终止。1、经机关交通管理部门调解，当事人未达成协议或调解书生效后不履行的，当事人可以向人民提起民事诉讼。2、当事人在调解申请中对检验、鉴定或交通事故认定有异议的，机关交通管理部门应当书面通知当事人不予调解。