医疗事故赔偿争议可通过协商解决或向卫生行政部门提出调解申请，也可直接向起诉。协商解决时应制作协议书，明确双方基本情况、事故原因和赔偿数额等。已确定为医疗事故的，可请求卫生行政部门进行赔偿调解，遵循当事人自愿原则。调解达成协议后应履行，调解不成或一方反悔则不再调解。法律分析；根据相关法律规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民提起民事诉讼。双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。