法律分析：当法官提出证据存在违反法律程序的问题的质疑时，应当根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十三条的规定进行相应的处理。如果证据确实存在违反法律程序的问题，应当予以排除，不能作为定案的依据。法律依据。1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十三条规定：“应当根据被告人的质证或者辩解及其他相关证据，对控辩双方提出的证据进行审查。对于可能对案件认定有重大影响的证据，应当指定鉴定人鉴定或者组成鉴定委员会鉴定。”。2.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十四条规定：“在审查证据过程中，发现有下列情形之一的，应当排除。（一）证据是在依法规定的范围和程序外取得的。（二）证人证言不符合事实。（三）证据是从犯罪嫌疑人或者被告人非法获取的。（四）证据是伪造的、篡改的或者以其他方式毁损的。