旷工一天扣三天工资是不合法的，只扣除当天的劳动报酬是合理的。一般对于劳动者的旷工行为，可以通过行政处罚等方式进行处罚，对员工进行处罚，或者以影响绩效的方式来减少绩效工资，也可以扣除员工的奖金。劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。工资总额的组成部分。1、计时工资。2、计件工资。3、奖金。4、津贴和补贴。5、加班加点工资。6、特殊情况下支付的工资。法律依据。《中华人民共和国劳动法》。