超市扣员工工资违法，根据《劳动合同法》规定，用人单位不得扣押证件或收取财物。未及时订立书面劳动合同的，用人单位需支付二倍工资。违反支付劳动报酬规定，劳动行政部门可责令限期支付报酬并加付赔偿金。劳动者可向申请支付令。克扣工资需支付相当于工资25%的经济补偿金。劳动行政部门有权监察工资支付情况，对侵害劳动者权益的行为可责令支付工资、经济补偿和赔偿金，标准按国家规定执行。法律分析；一、超市要扣员工工资合法吗。该超市行为明显违法。我国《劳动合同法》第九条规定：用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。