公司倒闭拖欠农民工工资应当以破产财产进行赔偿。破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，应当支付所欠农民工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，社会保险费用以及经济补偿金。一、企业破产债务清偿顺序，具体是怎么样的。公司破产时用破产财产清偿债务。破产财产清偿的先后顺序是。1.破产费用；2.共益债务；3.破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：(1)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行规规定应当支付给职工的补偿金；(2)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；(3)普通破产债权。二、公司破产的债务按什么顺序清偿。