1、税务成本相对较高。不能享受目标公司因亏损而带来的所得税的减免。交易时的税收成本也相对较大，房地产过户时的土地增值税、契税、营业税、企业所得税等过户税费、设备转让时的营业税，目标公司清算后所得税，股东清算所得的所得税等。而股权转让方式，交易发生在目标公司的股东之间，收购股权系受让方对外投资，既不会对受让方产生税费，对目标公司的税务也不会产生影响。2、资产收购改变管理者影响经营。而资产收购后需要逐步建立与员工的关系，生产经营可能会受到短期影响。目标公司长期经营而建立的品牌知名度在让渡到新企业时不能确保100％被认可或顺利对接。3、特许经营项目存在不确定性。