农村合作医疗在深圳住院可以报销。深圳市实行的农村合作医疗制度是“外地就医住院费用先垫付，回到户籍地后报销”的，即在深圳住院的农村合作医疗参保人员，需要先自费支付医疗费用，在回到户籍地后，到当地的农村合作医疗管理中心进行报销。具体报销比例以当地规定为准。不同地区的农村合作医疗可能略有不同，具体以当地规定为准。合作医疗的报销规定如下：1、报销范围：合作医疗可以报销符合规定的医疗费用，包括住院费用、门诊费用、药品费用、检查费用等。2、报销比例：合作医疗的报销比例根据当地的规定而定，一般情况下，住院费用报销比例在50%-80%之间，门诊费用报销比例在20%-60%之间。