军人叛逃罪的处罚是根据逃亡行为的严重程度而定，包括驾驶航空器、舰船叛逃等特别严重情节，处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑；与逃离罪的区别在于军人叛逃罪侵害国防安全秩序、逃亡到境外，并具有背叛国家目的，而逃离罪只逃避服兵役。军人叛逃罪应以重罪吸收轻罪的原则处理，违背军人职责、危害的行为必须追究刑事责任。法律分析；一、军人叛逃罪的处罚是怎么样规定的。犯军人叛逃罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，情节严重的，处五年以上有期徒刑。驾驶航空器、舰船叛逃的，或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。