农村自建房申请土地使用证的主旨是：按照法律规定，农村村民可以申请办理土地使用证，主要是宅基地使用权证。申请流程包括准备相关材料、到乡镇国土资源管理所申请、填写申请表并提交材料、经审查通过后领取证书。根据土地管理法，农村村民只能拥有一处宅基地，面积不得超过规定标准。住宅用地需要乡镇审核批准，若涉及农用地占用，则需办理相应审批手续。法律分析；农村自建房申请土地使用证的流程如下：1、准备身份证件、户口本复印件等相关材料。2、到所属乡镇国土资源管理所申请办理土地使用证，主要指的是宅基地使用权证。3、填写宅基地申请表，并提交相关材料。4、审查材料，审查通过后在规定期限内发证。