工程合同纠纷的处理方式有：1、当事人自愿协商解决；2、第三人（人民调解委员会）居中调解。3、向仲裁委员会申请仲裁；4、向人民起诉。合同发生纠纷后，当事人自行协商、调解不成的，合同中又无仲裁条款，则可以向人民起诉。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第七百八十建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。工程合同存在纠纷处理程序。