企业扣员工绩效工资的话应该直接和企业协商处理，协商不成的话，劳动者自己可以到当地的劳动监察大队投诉，投诉无果的情况下可以向当地的劳动仲裁争议委员会递交仲裁申请书，对仲裁结果不满意的情况下可以直接提起民事诉讼。企业在正常情况下没有资格扣员工的绩效工资。一、企业扣员工绩效工资应该怎么办。1、员工首先应该与所在公司协商处理。凡是公司克扣员工工资的，克扣员工工资的公司应有说明克扣员工工资的正当理由，并且克扣行为应该有之所依据的相关的规章制度。至于这份规章制度，应该是已经经过事前公开公示过的，不然的话，公司就会被判定为属于无正当理由克扣员工工资，这就是一种无理的违法行为了。这种情况下，职工就可以要求所在公司支付员工应得的所有工资收入以及赔付相应的利息损失。