法律分析：1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖×税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))×税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。应纳税所得额=税前工资收入金额-五险一金(个人缴纳部分)-费用减除额。应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数。法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第六条 应纳税所得额的计算。（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。