不合法的。公司通过扣除职工部分工资的方式发放年终奖是属于克扣工资的行为，违反劳动法的规定。年终奖是“工资总额”中的一部分，但较为灵活，一般来说是否发放年终奖属于用人单位的管理自主权，用人单位可以决定是否发放及发放金额，除非另有约定或规定。公司年终奖是否属于工资部分。1、公司年终奖属于工资的一部分。2、根据法律规定，工资总额由下列六个部分组成：(一)计时工资；(二)计件工资；(三)奖金；(四)津贴和补贴；(五)加班加点工资；(六)特殊情况下支付的工资。由此可见，奖金属于工资，而奖金包括了年终奖，所以年终奖属于工资的一部分。年终奖属不属于工资一部分，怎么算。