分居子女的抚养费最好由夫妻双方协商解决。夫妻双方不能通过协商解决分居期间子女抚养费问题的，可以向起诉解决。将根据双方的经济状况、当地生活水平等因素，确定最有利于儿童成长的抚养费金额，并判决抚养费的支付时间和方式。夫妻一方不履行关于分居支付子女抚养费的判决的，另一方可以申请强制执行。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第一千零六十七条 父母不履行抚养义务的，未成年子女或者不能生活的成年子女，有要求父母给付抚养费的权利。成年子女不履行赡养义务的，缺乏劳动能力或者生活困难的父母，有要求成年子女给付赡养费的权利。