律师分析。1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的。2、费用不同。医保具有强制性，按照职工工资的一定比例收取，农村合作医疗是农民自愿参加，费用一般固定。3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的，而且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。【法律依据】：《中华人民共和国社会保险法》。第十二条 用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员参加基本养老保险的，应当按照国家规定缴纳基本养老保险费，分别记入基本养老保险统筹基金和个人账户。