医保和农村合作医疗的区别如下：1、所覆盖的对象不同，新型农村合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加，国家实施这个，目的是解决农民因病致贫、因病返贫，缓解农民的经济压力，保障农民基本卫生服务。而城镇职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。2、缴费方式不同，新型农村合作医疗是农民自愿参加，农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持和资助相结合的方式筹集资金。城镇职工基本医疗保险费是用人单位和职工共同缴纳的。用人单位缴费率应该控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。