1、如果店长克扣员工工资，员工可以通过劳动行政部门投诉，或者直接向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁。2、可以通过消费者维权电话投诉，通过一些平台投诉，进行投诉最直接简单的方法直接找到店长的上司，也就是所在的公司经理等上一级部门直接反映。3、劳动者认为用人单位侵犯其劳动保障合法权益的，有权向劳动保障行政部门投诉。可以投诉的事项包括。(1)用人单位违反录用和招聘职工规定的。如招用童工、收取风险抵押金、扣押身份证件等。(2)用人单位违反有关劳动合同规定的。如拒不签订劳动合同、违法解除劳动合同、解除劳动合同后不按国家规定支付经济补偿金、国有企业终止劳动合同后不按规定支付生活补助费等。