病假扣工资是不合法的。企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在国家规定的医疗期内的，用人单位应当按照不低于本人正常工作时间工资的百分之60支付员工病伤假期工资，但不能低于的百分之80。用人单位可以在标准工资的百分之60至百分之百之间确定员工病假期间的工资标准。一般职工病假申请流程是什么。1、职工普通病假需提前向直属领导提出申请，经直属领导同意后填写病假条，将手中急需完成的工作交接给同事。2、职工几天以上的病假需报经理审批，同意后同上。3、如果是紧急情况，无法填写病假条，可先通过电话、短信等联系方式通知直属领导或家属待转达请假，等处理完后将病历等资料复印件交回公司，完善请假手续。