这个要看备案的中标合同是否规定了不得中途修改协议和修改的效力，如果没有禁止的，那么，由于以后签订的合同是双方表示一致的合法行为，是有效的。不过还有一个救济的途径，你们可查寻竣工验收的文件中，关于工程款的最后一次确定，包括合同和最终的工程造价的意思表示，上面有施工单位和建设单位，每三方中立公允方的公章的，你们可以在此寻找突破口。很大程度上可以得到向提供最后双方确定的造价金额的证据。一、未取得建设审批手续的施工合同的效力如何认定。发包人就尚未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等行政审批手续的工程，与承包人签订的建设工程施工合同无效。但在一审法庭辩论终结前发包人取得相应审批手续或者经主管部门批准建设的，应当认定合同有效。发包人未取得建筑工程施工许可证的，不影响施工合同的效力。