医院处理医患纠纷的部门是医务科或医务部。医疗纠纷处理程序。1、医患沟通：医疗机构及医务人员有尊重患方知情权的义务，应当就患者病情及诊断治疗经过做出专业性的说明解释，加强与患方的沟通，消除误会、化解矛盾。2、调解：医患双方通过沟通，遵循合法、合理、自愿的原则，互谅互让达成一致和解意见的，应当签订协议书，由医、患双方签字盖章。3、第三方调解。医疗纠纷可以卫生行政部门第三方来进行行政调解。第三方处于居中地位，通过规范教育，说服引导当事人在平等自愿的基础上达成调解协议。4、如果医疗纠纷不能成功调解，可以进行司法鉴定，鉴定是否构成医疗事故，医疗事故等级是多少。根据司法鉴定结果走法律诉讼程序进行处理。法律依据：《医疗机构管理条例实施细则》第六十。县级以上卫生计生行政部门设立医疗机构监督管理办公室。