甲方不付工程款的处理方式是，有约定的按约定处理；没有约定的协议优先；协商不成的可以选择调解或诉讼；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。法律其他规定等。一、合同纠纷解决方式及有什么优缺点。合同争议的解决方式有四种：和解、调解、仲裁和诉讼。其中，和解和调解并非解决合同争议必经的程序，即使合同当事人在合同争议条款中作了相应的规定，当事人也可不经协商和解或调解而直接申请仲裁或提起诉讼。故选择仲裁还是诉讼解决合同争议是订立合同争议条款要解决的一个重要问题。