员工怀孕了处理方式如下：1、按规定员工怀孕后，除非其犯有法定的过错，否则公司不能单方解除劳动合同。2、如果公司违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。3、单位如果不想再与其继签合同，那么可以与女职工签订一份到哺乳期结束为限的劳动合同，或将到期合同顺延到哺乳期结束。4、协商改善当事人的工作条件，因为有相关的法律规定，对不能胜任原劳动的，应当根据医务部门的证明，予以减轻劳动量或者安排其他劳动。5、调整岗位。用人单位可以调整怀孕女职工的工作岗位，但必须是基于保护女职工的原则，即如果怀孕女职工不能胜任、不能适应原工作岗位，用人单位应当在减轻劳动量、改善相应的工作条件的基础上为其调整岗位，安排其他劳动。即使用人单位调整了女职工的工作岗位，也不能降低女职工的工资性收入。