公司乱扣工资，劳动者可申请赔偿和劳动仲裁。用人单位需支付工资报酬及经济补偿金，否则需支付赔偿金。劳动者可申请劳动仲裁，提供申请书和证据资料。用人单位有责任提供相关证据，否则承担不利后果。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。申请仲裁需准备登记表、申请书、身份证复印件、注册登记资料复印件和劳动关系证明材料。法律分析；一、公司乱扣工资怎么申请赔偿。1.用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金。