合作医疗住院报销期限是三个月。合作医疗报销流程。1、出院时要带的材料一般在快出院时要告知医生去复印，等材料送到病案室就要等归档后才能让你复印，这要等一到二个星期。2、工作人员要把病人住院所发生所有费用时细录入电脑，才能得出这个患者的补偿金额，为了基金的安全，还要进行审核，所以到县外去要多些时间才能得到补偿款。3、一般情况银行没权力不让拿钱，当然有的县市的农保中心有专门付钱的出纳。报销所需资料。1、 门诊报销携带资料：门诊、合作医疗证历本（或病历）。2、住院报销携带资料：住院、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。3、门诊特殊病报销携带资料：门诊、特殊病种合作医疗证历本。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条。