灵活就业医疗保险和职工医疗保险的区别主要有：1、缴费基数不同。灵活就业人员参加医疗保险的缴费基数一般为当地上年度在岗职工年平均工资60%；职工参加医保的缴费基数为职工月工资总额。2、参保对象不同。灵活就业人员的参保对象为未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员及其他灵活就业人员；就业年龄范围内无雇工的个体工商户等；职工医疗保险的参保对象为城镇在职职工及单位退休职工。3、缴费的方式不同。灵活就业人员医保由灵活就业人员自已按一定的基数和比例全额缴纳，可以选择按月缴纳，也可以选择按年缴纳；职工医疗保险由单位和职工共同缴纳，一般情况下是按月缴纳。4、缴费比例不同。灵活就业人员缴费比例，有两种可供选择。根据各地标准，比如按照沈阳标准，可以选择10%的比例，也可以选择6.8%的比例