医疗事故纠纷庭审时病历质证的处理程序是。首先，医院应将全部病历的复印件提交和患者各一份，并将病历原件提交。患者将复印件与原件核对，再核实病历记载内容是否与事实一致，如不一致，则提出相应的证据证明，如其他医院的病历、与医生的通话录音，病历书写规范等，还可申请文检鉴定。第二、如证据不足以认定病历是否真实，法官无法判断，会要求提出异议的一方申请病历鉴定，鉴定异议部分是否真实及对认定医院的过错是否有影响，如无影响，就会以该病历做为鉴定依据。如异议成立，则被异议部分不能作为鉴定依据。最后、鉴定要以双方认定的病历作为鉴定依据，病历质证在医疗纠纷中处于重要的位置，如果在病历质证阶段提出异议被采纳，鉴定机构经过审核认为根据无异议部分的病历不能做出医院是否有过错的结论，那么医院就应承担全部责任。