处理合同逾期付款违约金的方式如下：1、以实际损失调整违约金。2、延迟支付一年的赔偿金额不得超过欠款本金限额调整。3、参照人民有关逾期违约标准，并在此基础上乘以四倍计算违约金。根据《中华人民共和国民法典》规定，当事人可以约定一方应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定违约造成的损失赔偿的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民或者仲裁机构增加；约定的违约金过高于造成的损失的，当事人可以请求人民或者仲裁机构适当减少。当事人延迟履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。