法律分析。逾期付款违约金的计算方式是：1、合同中有约定的，按约定的方式计算；2、无约定的或者约定不明确的，当事人可以协商确定。3、协商不成的，当事人可以通过向起诉或者通过申请仲裁，来确定计算的方式。法律依据。《中华人民共和国民法典》。第五百七十七条 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。第五百八十二条 履行不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择请求对方承担修理、重作、更换、退货、减少价款或者报酬等违约责任。