股权转让协议变更需由转让方和受让方协商一致，擅自变更无效。根据公司法和民法典相关规定，有限责任公司股东可相互转让股权，转让后应注销原股东出资证明书，发给新股东，并修改公司章程和股东名册。合同变更需明确约定，否则视为未变更。法律分析；公司擅自变更股东签订的股权转让协议是无效的。股权转让协议的变更，由签订协议的转让方和受让方协商一致后进行。根据《公司法》第七十一条第一款的规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。第七十三条规定，依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。