孩子三个月时离婚，抚养权一般归母亲。我国法律规定，两周岁以下的孩子一般随母亲生活。但存在以下情形之一时，孩子可随父亲生活：1、母亲患有传染性疾病或其他严重疾病，不宜抚养子女；2、母亲有抚养条件但不愿尽抚养义务，父方愿意抚养子女。3、存在导致子女确无法随母方生活的其他原因。【本文关联的相关法律依据】。《关于人民审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》。1、两周岁以下的子女，一般随母方生活，母方有下列情形之一的，可随父方生活。(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的。(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的。(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。