运输毒品罪与非法持有毒品罪的主要区别在于，非法持有毒品罪是运输毒品罪的补充罪。只有行为人不以运输毒品罪为目的或者延续运输毒品罪的，才能以非法持有毒品罪论处，否则应当以运输毒品罪定罪处罚。依照刑法第三百四十七条的规定，走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，并予以刑事处罚。第三百四十规定，非法持有鸦片1公斤以上、海洛因或者甲基苯丙胺50克以上或者其他毒品数量大的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金；非法持有鸦片200克以上不满1公斤、海洛因或者甲基苯丙胺10克以上不满50克或者其他毒品数量较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。【本文关联的相关法律依据】。