违法。劳动者在公司辞职，而且按公司规定办理离职手续和工作交接，但公司克扣工资，那么违反劳动合同法规定，劳动者可以反映到劳动局解决，申请赔偿。离职，是指职工离开原职务和原工作单位的劳动法律制度。有两种情况，一种是离职休养，离职入校学习进修，停薪留职，这种离职不终止劳动法律关系；另一种是职工本人要求辞职被单位批准离职，被单位辞退离职、自动离职等，这种离职终止劳动法律关系。离职职工根据不同情况享受不同的待遇。相关法律规定，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。