法律分析：病假两年后，按照劳动合同的经济补偿金计算，但约定的经济补偿金不能低于对应的职位的工资标准。在劳动合同中没有约定的，有工会的或者职工代表的，可以在集体劳动合同中约定病假的工资计算基数，如没有工会的，则之间按照当前的工资的70%计算工资，单位是不能随便扣职工工资的。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条 企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月，五年以上的为六个月。