自动离职用人单位应结清工资，劳动者应赔偿损失。根据劳动合同法第90条规定，自动离职违法解除合同，造成用人单位损失的，劳动者应承担赔偿责任。根据劳动部《工资支付暂行规定》第9条规定，无论解除合同是否合法，用人单位应一次性结清工资。赔偿与工资应分别计算，合并结算。法律分析；自动离职用人单位应当结清工资，但劳动者应当赔偿损失。自动离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属自动离职。属于违法解除合同，按照《劳动合同法》第九十条规定，对用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。用人单位要求劳动者赔偿损失的，应当承担举证责任。